联合研究院设管理委员会(简称“管委会”)，实行管委会领导下的院长负责制。管委会是联合研究院的议事、决策、协调机构，负责决定校企战略合作中的重大事项，指导具体工作的开展。

联合研究院设学术委员会，作为联合研究院的学术指导机构，负责联合研究院的技术发展趋势指导、科研规划咨询、产业化可行性咨询等。

联合研究院实行管委会领导下的院长负责制，由院长办公会负责重大决策。院长办公会负责联合研究院全面工作，并接受管理委员会监督。

联合研究院设办公室，在院长办公会领导下开展工作，负责日常管理运营工作。包括课题管理、经费管理、项目管理、成果管理、知识产权管理、人力资源管理、综合行政管理以及其他日常工作。

联合研究院下设产品事业部，负责细化相关研究方向的产学研、研发项目的具体实施与日常管理等具体任务，负责实施相关领域的联合研发与人才培养工作。